"โอไมครอน" ตรวจได้ด้วย MassArray Genotyping ใน 48ชม.

ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ.รามาธิบดีโพสต์ข้อความผ่าน เพจเฟซบุ๊กCenter For Medical Genomics ถึงการตรวจ MassArray Genotyping หรือ low-cost mini-sequencing เพื่อตรวจสอบแยกสายพันธุ์โอไมครอน, อัลฟา, บีตา, แกมมา, และสายพันธุ์ท้องถิ่นของไทยคือ B.1.36.16 และ B.1.524 ในเวลา 48 ชั่วโมง พร้อมระบุได้ว่าจีโนมของไวรัสมีความสมบูรณ์ (ยังอาจติดเชื้อก่อโรคได้) หรือแตกหักเป็นซากไปแล้ว 

ชมผลการตรวจสายพันธุ์ โอไมครอน จากผู้ติดเชื้อรายแรกในประเทศไทย ด้วยเทคโนโลยี Mass Array Genotyping

ด้วยเทคโนโลยี Mass Array Genotyping ศูนย์จีโนมทางแพทย์ฯ สามารถพัฒนาการตรวจไวรัสโคโรนา 2019 สายพันธุ์ใหม่ไม่ว่าจะกลายพันธุ์ไปอย่างไรได้ภายในเวลาเพียง 2 อาทิตย์

ขณะนี้ดูเหมือนโลกคงยากที่จะเลี่ยงจากการระบาดของโควิด-19 สายพันธุ์ โอไมครอน ซึ่งมีความสามารถแพร่ติดต่อ (transmissibility) ระหว่างคนสู่คนที่รวดเร็วกว่าสายพันธุ์ เดลตา ถึง 2 เท่าหรือมากกว่า ในขณะที่สายพันธุ์ เดลตา อัลฟา และ บีตา ก็ยังคงระบาดอยู่ทุกมุมโลก

ดังนั้นการตรวจกรองว่าผู้ติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 ด้วย PCR อย่างเดียวอาจไม่พอเพียง เพราะในประเทศไทยและทั่วโลกการระบาดของสายพันธุ์ เดลตา, อัลฟา, เบตา ยังคงเป็นภัยคุกคามอยู่ การตรวจกรองด้วย PCR ซึ่งตรวจจับตำแหน่งบนจีโนมพร้อมกัน 2-3 ตำแหน่ง บางครั้งจะประสบปัญหาที่อาจตรวจจับบางตำแหน่งไม่ได้ เนื่องจากการกลายพันธุ์ เช่นในกรณี อัลฟา และโอไมครอน จะเกิด S gene dropout หรือ S gene target failure (SGTF) เนื่องจากการกลายพันธุ์ตรงตำแหน่งของยีน “S” ทำให้ตัวตรวจตาม (PCR primer) เข้าจับไม่ได้เกิดเป็นผลลบลวง (false negative) ขึ้นมาได้

เพื่อแก้ไขข้อจำกัดของ PCR โดยยังคงไว้ซึ่งต้นทุนที่ใกล้เคียงกับการตรวจ PCR และสามารถตรวจกรองตัวอย่างได้ครั้งละมากๆ (high through put) เช่น 1,000 ตัวอย่างต่อสัปดาห์ มีความไว (sensitivity) และความจำเพาะ (specificity) สูงเทียบเท่า PCR แต่ไม่ประสบปัญหาเรื่องไวรัสจีโนมกลายพันธุ์เปลี่ยนแปลง (เช่น SGTF) ทางศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ. รามาธิบดีจึงได้พัฒนาการตรวจจีโนมของไวรัสหลายตำแหน่งพร้อมกันด้วยเทคโนโลยี“Mass array Genotyping”

MassArray Genotyping หรือ “Low-Cost Mini-Sequencing” เป็นการตรวจหลังทราบผลการตรวจ PCR ต่อไวรัสโคโรนา 2019 เป็นบวก (post PCR assay) ไม่ได้พัฒนาขึ้นมาเพื่อใช้ทดแทนการตรวจ PCR ว่ามีเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 หรือไม่ในสิ่งส่งตรวจ 

โดยออกแบบให้ตรวจสอบรหัสพันธุ์กรรม 47 ตำแหน่งที่กระจายอยู่ทั่วจีโนมของไวรัสโคโรนา 2019 พร้อมกันในปฏิกิริยาหลอดเดียว (single-tube reaction) สามารถตรวจกรอง (screening) แยกแยะสายพันธุ์ โอไมครอน, อัลฟา, บีตา, แกมมา, และสายพันธุ์ท้องถิ่นของไทยคือ B.1.36.16 และ B.1.524 ได้เป็นอย่างดี

ได้ผ่านการทดสอบกับตัวอย่างจากผู้ติดเชื้อโอไมครอน รายแรกของประเทศ พบว่าได้ผลดีเป็นที่น่าพอใจ

โดยระยะเวลาดำเนินการตั้งแต่ได้รับสิ่งส่งตรวจ (สารพันธุ์กรรมของไวรัส) จนถึงการออกผลคือ 48 ชั่วโมงหรือ 2 วันทำการ การรายงานผลจะช่วยให้แพทย์ผู้ส่งตรวจทราบว่า

1.  สิ่งส่งตรวจเป็นไวรัสโคโรนา 2019 สายพันธุ์ใด (โอไมครอน, อัลฟา, บีตา, แกมมา, และสายพันธุ์ท้องถิ่นของไทยคือ B.1.36.16 และ B.1.524)
2. ไวรัสในตัวอย่างส่งตรวจมีความสัมพันธ์ใกล้ชิดเป็น “คลัสเตอร์” เดียวกันหรือต่าง”คลัสเตอร์” กัน โดยเทียบกับฐานข้อมูลรหัสพันธุกรรมของไวรัสโคโรนา 2019 ที่บรรดาสถาบันการแพทย์ของไทยอัปโหลดขึ้นไปแชร์ข้อมูลบนระบบคลาวด์ของ “GISAID”เกือบ 1 หมื่นตัวอย่าง
3.  บ่งชี้ได้ว่าจีโนมของไวรัสมีความสมบูรณ์ (ยังติดเชื้อก่อโรคได้) หรือแตกหักเป็นซาก (ไม่ติดเชื้อ) แล้ว
4. มีการติดเชื้อสองสายพันธุ์ในบุคคลเดียว (mixed infection) หรือไม่ ซึ่งอาจชักนำให้เกิดไวรัสสายพันธุ์ลูกผสม (hybrid)