กรณีมีกระแสข่าวระบุว่า ข้าราชการหลายหน่วยงาน ในทำเนียบรัฐบาล แสดงความไม่พอใจ ที่ช่วงเหตุการณ์น้ำท่วมที่ผ่านมา สำนักงานเลขา ครม. ซึ่งมีกองทุน 20 ล้านบาท ไว้ช่วยเหลือข้าราชการ แต่กลับนำเงินมาให้แค่คนละ 1 พันบาท จึงเตรียมเคลื่อนไหวให้เปลี่ยนแปลงตำแหน่งเลขาธิการครม.นั้น

          นายอำพน กิตติอำพน เลขาธิการคณะรัฐมนตรี ระบุว่า เขาไม่นำเรื่องนี้มาใส่ใจแน่นอน เนื่องจากกองทุนนี้ มีคณะกรรมการที่คอยกำกับดูแลอยู่ ซึ่งเป็นเงินที่หาได้จากการจัดทำกิจกรรมต่าง ๆ โดยเมื่อช่วงที่ผ่านมา กองทุนสวัสดิการมีตัวเงินกว่า 1.2 ล้านบาท แต่การเบิกจ่าย ต้องขึ้นอยู่ที่คณะกรรมการ เพราะเงินนี้ก็ไม่ใช่เงินส่วนตัวของเขา ที่จะสามารถเบิกจ่ายให้ใครก็ได้

          "ขั้นตอนของการจ่ายเงินเยียวยาน้ำท่วม ต้องแตกต่างกันไป สำหรับผู้ที่ถูกน้ำท่วมทั้งหลัง กับคนที่อยู่คอนโดฯ ทั้งนี้ ในช่วงน้ำท่วมที่ผ่านมา ได้มีการจ่ายเงินสวัสดิการให้แก่ข้าราชการที่บ้านถูกน้ำท่วมกว่า 1 แสนบาท จะมาบอกว่า ผมไม่ดูแล คงไม่ใช่ อย่างไรก็ตาม หากข้าราชการกลุ่มไหน จะออกมาเคลื่อนไหวก็ทำได้เลย"

          ส่วนกรณีที่ข้าราชการบางกลุ่ม ที่จะออกมาเคลื่อนไหว ได้นำคนที่เสียชีวิตไปแล้วมาอ้างนั้น นายอำพน กล่าวว่า ขอบอกว่า ไม่สมควรอย่างยิ่ง ที่จะนำคนตายมาเกี่ยวข้อง อีกทั้งเรื่องนี้ก็ไม่เป็นความจริง เนื่องจากคนที่ตายเป็นโรคประจำตัวอยู่แล้ว ไม่ได้เกิดจากอาการเครียดที่บ้านถูกน้ำท่วม อีกทั้งในช่วงน้ำท่วมที่ผ่านมา เขายังเป็นคนที่ให้ข้าราชการทำเนียบที่บ้านถูกน้ำท่วม เข้ามาพักอาศัยชั่วคราวในทำเนียบได้ ก่อนที่นายกฯจะทราบเรื่อง จึงประกาศให้ข้าราชการทำเนียบเข้ามาอาศัยชั่วคราว

          ทั้งนี้ ขอยืนยันว่า ที่ผ่านมาก็ได้ช่วยเหลือข้าราชการเหล่านี้อย่างเต็มที่ แต่คาดว่า ที่บางกลุ่มจะออกมาเคลื่อนไหว คงเป็นเพราะไม่พอใจ ที่ช่วงนี้ เขาลงไปเข้มงวดกับการทำงาน เนื่องจากเห็นว่า ข้าราชการในสำนักเลขาธิการนายกรัฐมนตรี จะมาทำงานแบบเสมียนไม่ได้ ต้องทำงานให้คุ้มกับเงินเดือน และต้องเป็นผู้ที่ให้ความรู้แก่คนอื่น ไม่ใช่ทำงานแบบชาวชามเย็นชาม เหมือนที่ใครหลายคนชอบพูดกัน

          ส่วนกระแสข่าวที่ น.ส.ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร นายกฯ จะสับเปลี่ยนตำแหน่ง โดยให้ไปดำรงตำแหน่งปลัดสำนักนายกฯ และโยกนายธงทอง จันทรางศุ มาดำรงตำแหน่งเลขาครม.แทนนั้น นายอำพน กล่าวว่า เรื่องนี้ เขาไม่ขอพูดถึง ขอให้ดูผลงานต่อไปจะดีกว่า

          "แต่ถ้าจะโยกผมไปแทนนายธงทอง ด้วยเหตุผลที่ว่า ผมไม่จ่ายเงินเยียวยาช่วยเหลือน้ำท่วมให้ข้าราชการนั้น ผมคิดว่า เป็นเหตุผลที่ไร้สาระ" นายอำพน กล่าวในท้ายที่สุด